Jodorowskys Comickarriere begann Mitte der 1960er Jahre in Mexiko. Mit Illustrationen von Manuel Moro veröffentlicht er die Science-Fiction-Reihe „Aníbal 5“. Im „Heraldo de Mexico“ gab es 1967-1973 wöchentlich einen Strip von ihm mit dem Titel „Fábulas pánicas“ (Panische Fabeln).

Bekannt machte ihn in der Comicszene vor allem die Reihe um den
Privatdetektiv John Difool, die Jodorowsky gemeinsam mit dem französischen Star-Zeichner Moebius (alias Jean Giraud) aus den Entwürfen für das gescheiterte Filmprojekt „Dune“ entwickelte. Erstveröffentlicht 1980, in der Ära vor „Krieg der Sterne“, war
„Der Incal“ innovativ in Handlung und Gestaltung. Die Science-Fiction-Story passte in die Zeit und besticht auch heute noch durch die facettenreiche Verknüpfung unterschiedlicher Handlungsstränge und die unglaublich reichen
Zeichnungen.
John Difool, Privatdetektiv Klasse R, lebt auf „Terra 21“ und wird in eine intergalaktische Verschwörung verwickelt. In der esoterischen Abenteuerstory kommt auch die Gesellschaftskritik nicht zu kurz. Aus Nebenfiguren und Rahmenhandlung entstanden später die Serien „Die Kaste der Metabarone“ und „Die Techno-Väter“.
Jodos Comic-Universum:
Der Incal, John Difool (1980-1988),
Zeichnungen von Moebius (Jean Giraud)
BeispielzeichnungenJohn Difool vor dem Incal (1988-1995),
Zeichnungen Zoran Janjetov
Die Abenteuer von Aleph-Tau (1983-1998),
Zeichnungen Arno und Al Covial
Die Kaste der Metabarone (1992-2002),
Zeichnungen Juan Giménez
Lust und Glaube,
Zeichnungen von Moebius
Der weiße Lama (1993-1998),
Zeichnungen Georges Bess
Die Techno-Väter (1998-2002),
Zeichnungen Zoran Janjetov
Nach dem Incal (2000),
Zeichnungen Moebius
Bouncer (2001-2004),
Zeichnungen François Boucq
Die Borgia (2006),
Zeichnungen Milo Manara
Castaka – Der erste Vorfahr (2008),
Zeichnungen Das Pastoras